In questo luogo venne nuovamente alla luce il VMS dopo secoli di silenzio. Fu qui, agli inizi del novecento che l’antiquario americano lo trovò e lo acquistò dalle mani dei padri Strickland. Non era uno solo lo Strickland che soggiornava a Villa Mondragone in quegli anni ma ben quattro. Ma che cosa era Villa Mondragone? Si può dire che la sua storia cominci nel 1573 quando ebbe inizio la rinascita del sito che l’ospiterà sulla scia della generale riscoperta dei luoghi classici Tuscolani (nel II secolo d.C. i consoli Condiano e Massimo della famiglia dei Quintili avevano realizzato in questo luogo una vasta dimora i cui resti vennero utilizzati, in parte, per le fondazioni dei nuovi edifici). Proprietario all’epoca è il ricco e potente cardinale Marco Sitico Altemps che dal 1567 possiede, oltre alla vicina Villa Angelina, la vastissima area territoriale dello Status Tusculanus comprendente anche i territori di Monte Compatri e Monte Porzio. Alla fine del 1574 la nuova fabbrica, la cui esecuzione è affidata a Martino Longhi il Vecchio, risulta completata (almeno per le finiture esterne). Tra le decorazioni spicca un drago alato, simbolo araldico dei Boncompagni, casato di provenienza di papa Gregorio XIII (1572-1585) amico e protettore dell’Altemps, ritenuto anche l’ispiratore della costruzione del Casino e della Retirata. Probabilmente in base a ciò, che la Villa assumerà poi il nome di Mondragone. Il 24 febbraio 1582 il papa promulga la Bolla di riforma del Calendario Giuliano Inter gravissimas pastoralis officii nostri curas. [...]

[...] Nel 1853 alcuni interventi di restauro sono avviati dai Borghese: alcune sale vengono ridipinte e viene iniziato il ripristino dei fronti della Manica Lunga.
Gli alunni del Collegio Ghislieri di Roma vi soggiornano dal 1860 al 1864, durante le vacanze autunnali. Nel 1865 viene raggiunto un accordo tra Marcantonio Borghese e la Compagnia di Gesù allo scopo di utilizzare la Villa come collegio: i Gesuiti in luogo dell’affitto si impegnano a restaurare l’edificio. Contemporaneamente iniziano le attività del “Nobile Collegio Mondragone” con i primi cinque convittori. Il primo impianto di quello che diverrà l’Osservatorio Meteorologico Tuscolano è operativo dal 1868. Nel 1869 si inaugura il restaurato teatro posto nella Manica Lunga. Da questo momento i convittori superano le cento unità.
Nell’anno 1895 alla scadenza dell’ultimo contratto con i Gesuiti, i creditori dei Borghese reclamano la proprietà, ma, sollecitato da molti, il pontefice Leone XIII (Vincenzo Gioacchino Pecci, 1878-1903) autorizza l’acquisto della Villa e del Collegio da parte degli utilizzatori. Il passaggio di proprietà è perfezionato il 30 agosto 1896: i Gesuiti, per interposte persone e con il corrispettivo di 392.000 lire, diventano proprietari di una cospicua parte del fondo Borghese nei dintorni di Mondragone. Vista l’eccellenza dell’Istituto, nel 1898 ne viene chiesto il “pareggiamento” alle scuole governative, viene emesso un decreto che lo accorda, ma poco dopo viene ritirato con modalità e motivazioni discutibili. Il caso, in cui potrebbe essere stata coinvolta la Massoneria, suscita uno scandalo che a lungo tiene impegnati il Parlamento e la stampa nazionale, con echi internazionali. (Nel 1901 esce il volume del Grossi Gondi sulla Villa).
Grazie al Collegio e ai Gesuiti, Villa Mondragone andò arricchendo negli anni la sua Biblioteca e poi, al momento della confisca dei beni ecclesiastici da parte dello stato Italiano dopo la presa di Roma, divenne rifugio per tanti documenti, libri e manoscritti, precedentemente conservati presso il Collegio Romano.
Ed è proprio qui che nel 1912, viene rintracciato il cosiddetto Codice Voynich, oggi di proprietà dell’Università di Yale.

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